As línguas Aikanã e Kwaza são geneticamente isoladas, que significa que não possuem parentesco com nenhuma outra língua ou família linguística do mundo. Existem algumas semelhanças notáveis entre Aikanã e Kwaza que são compartilhadas com Kanoê, um outra língua geneticamente isolada do sudeste de Rondônia. Mesmo não tendo provas convincentes que essas línguas são relacionadas, a possibilidade de um vínculo genético de longa distância não pode ser excluída. De qualquer forma, os léxicos dessas línguas são bem diferentes, e as poucas correspondências etimológicas encontradas normalmente são tão semelhantes que teriam que ter surgidas através de empréstimo ao invés de herança. A difusão areal pode explicar uma parte dessas semelhanças já que esses grupos são conhecidos por casar entre si e por forjar alianças entre grupos de várias filiações etno-linguísticas.